中國科學院南京土壤研究所的副研究員，同時擔任中國科學院南京分院科技服務與成果轉化處處長。他的研究領域主要集中在環境與土壤微生物方面。
研究重點包括塑料增塑劑—酞酸酯類化合物在土壤-植物系統中的遷移降解規律，土壤中酞酸酯污染對作物生長和農產品品質的影響，以及高效降解微生物的篩選和馴化等。在土壤學方面，他研究了由稻麥輪作改為露天蔬菜和大棚蔬菜的種植方式后土壤微生物學性狀的變化，以及土壤氮磷流失、土壤微生物多樣性、微生物在土壤污染的監測指示以及土壤重金屬污染的生物修復等方面。
尹睿曾獲得中國農科院科學進步三等獎，并參與了多項國家級科研項目，如國家重點基礎研究發展規劃項目973項目、國家自然基金課題和國家高技術研究發展計劃（863計劃）課題等。他撰寫并發表了40多篇關于土壤和環境微生物方面的文章，其中包括11篇SCI源文章，并參與編撰了兩部專著。
